A área de concentração do Programa é a História Social, cuja amplitude fundamenta, dá contornos e articula a diversidade dos campos que congrega. É ela que lhe confere identidade e é por meio dela que se expressam as preocupações do corpo de pesquisadores no que diz respeito à compreensão dos fenômenos históricos. A Escola francesa dos Annales e os historiadores anglo-saxões de tendência marxista inspiraram objetos, a busca de outras fontes e formulação de problemas. Entretanto, a marca do Programa de História Social da USP é a sua diversidade de enfoques teóricos: desde a Micro História, passando pela História Política Renovada até a História dos Conceitos, envolvendo-se em amplos aspectos culturais das sociedades e em alguns problemas postos pelos Estudos Pós-coloniais ou no âmbito do Pós-moderno. A preocupação com a complexidade da História do Brasil é central. Em relação à história europeia destaque-se a tradição no programa nos campos da história ibérica, medievo ocidental e antiguidade mediterrânea. Além destes campos, o Programa é reconhecido por congregar especialistas preparados para atuação nos campos de História das Américas, História da África, da Ásia e Antiguidade Oriental. A amplitude temporal das pesquisas e orientações cobre das primeiras organizações humanas até o tempo presente.
A multiplicidade de temas e enfoques é igualmente marca do Programa de História da USP: escravidão, raça, gênero, cultura popular, religião, arte, imigração, alimentação, ciência, ideias etc. Tal pluralidade encontra abrigo no interior de sete Linhas de Pesquisa, nas quais os especialistas dedicam-se às suas especialidades. Os pesquisadores reúnem-se, ainda, em Laboratórios de Pesquisas vinculados às Linhas, operando na transversalidade, e divulgando a produção qualificada realizada no âmbito do Programa.