O Programa de Pós-Graduação em História Social se estrutura em sete linhas de pesquisa:
- Cultura Material e Visual, Historiografia e Documentação;
- Escravidão e História Atlântica;
- História das Ciências, Tecnologias e Sociedades;
- História da Cultura;
- História dos Movimentos e das Relações Sociais;
- História Política;
- História, Cultura e Poder.
As linhas de pesquisa do PPGHS reúnem docentes de distintas áreas com o objetivo de estimular investigações articuladas a partir de temas transversais, buscando questões de debate e fontes de interesse comuns. Tal perspectiva visa a ampliação da participação dos docentes em diferentes campos de estudo, visa também promover a ampliação de discussões teóricas e estimular a constituição de novas temáticas de estudos no âmbito da História Social. As linhas funcionam como eixos orientadores para a organização das disciplinas semestrais, para a estruturação específica da disciplina intitulada Tópicos Especiais Seminários de Pesquisa, que acontecem ao longo do ano, e para a organização bianual do Seminário Linhas de Pesquisa, assim como para a realização de eventos especializados e das atividades dos laboratórios de pesquisa. Contando com um corpo docentes amplo, diversificado e conceituado, as Linhas de Pesquisa permitem construir interfaces temáticas e temporais para a produção de conhecimento histórico.